เมื่อวันที่ 24 พ.ย. 54 นพ.ชูชัย ศุภวงศ์ เลขาธิการคณะกรรมการสิทธิมนุษยชนแห่งชาติ ได้เขียนจดหมายชี้แจงถึงเหตุผลการถูกโยกย้ายไปดำรงตำแหน่งที่ปรึกษาระดับ 11 ว่า ตามที่สื่อบางฉบับลงข่าวว่าตนถูกโยกย้ายไปดำรงตำแหน่งที่ปรึกษา ระดับ 11 นั้น ขณะนี้ตนยังไม่ได้เห็นคำสั่งอย่างเป็นทางการและยังไม่ทราบเหตุผลที่ชัดเจน การย้ายไปอยู่ในตำแหน่งที่ปรึกษาฯ ไม่ได้เสียความรู้สึกใด ๆ เพราะการมาอยู่ในตำแหน่งเลขาธิการคณะกรรมการสิทธิมนุษยชนแห่งชาติครั้งที่สองนี้ ตนไม่ได้เป็นผู้สมัครหรือเสนอตัว แต่เป็นเพราะ กสม. พิจารณาคัดเลือกผู้สมัครแล้ว แต่ไม่สามารถหาคนที่เหมาะสมได้ จึงขอให้ตนไปแสดงวิสัยทัศน์เพื่อจะได้ลงมติแต่งตั้งเป็นเลขาธิการคณะกรรมการสิทธิฯ ซึ่งตนก็ปฏิเสธเพราะไม่ประสงค์จะดำรงตำแหน่งนี้ตั้งแต่ต้น
ต่อมาท่านอาจารย์หมอบรรลุ ศิริพานิช มาขอร้องแกมบังคับให้ตนรับตำแหน่ง เพราะความดีของท่าน ตนจึงยินยอม และต่อมา กสม. มีมติให้ตนมาดำรงตำแหน่ง ตนก็ได้บอกกับประธาน กสม. ศาสตราจารย์อมรา พงศาพิชญ์ ตลอดว่าขอความเป็นอิสระ อย่าให้กรรมการมาแทรกแซงและพร้อมจะลาออกจากตำแหน่งตลอดเวลา
นพ. ชูชัย กล่าวต่อว่า การดำเนินงานที่ผ่านมาเกือบ 2 ปี ได้พยายามเสนอให้องค์กรมีแผนยุทธศาสตร์ แผนปฏิบัติการ มีระบบการดำเนินงานที่ชัดเจน แต่ก็เป็นไปด้วยความยากลำบาก ตนคิดว่าเรื่องร่างรายงานการชุมนุม นปช. ตามข่าวที่ปรากฏในสื่อมวลชนเป็นสาเหตุหนึ่งที่สำคัญ อีกทั้งมีการแทรกแซงการสรรหาข้าราชการประจำ ตนไม่ตอบสนองจึงเกิดความไม่พอใจ แต่เข้าใจว่าประเด็นหลัก คือ การเมืองจากภายนอกเข้ามาแทรกแซงองค์กรตามรัฐธรรมนูญ พยายามดิสเครดิตตนมาโดยตลอด เพื่อทำลายความน่าเชื่อถือร่างรายงานการชุมนุม นปช. ทั้ง ๆ ที่ตนได้ประกาศต่อสาธารณะแล้วว่าจะไม่เข้าไปยุ่งเกี่ยวกับร่างรายงานฉบับนี้อีก แต่จนบัดนี้ร่างรายงานยังไม่แล้วเสร็จ และเจ้าหน้าที่ที่เกี่ยวข้องรายงานว่ายังไม่สามารถหาหลักฐานใหม่หักล้างหลักฐานเดิมได้ นอกจากนี้ ตนยังได้ไปยื่นแจ้งความดำเนินคดีหนังสือพิมพ์ที่ลงข่าวบิดเบือนความจริง หมิ่นประมาทในกรณีการชุมนุม นปช.ในช่วงสองสัปดาห์ที่ผ่านมา
"มีข้าราชการและผู้คนให้กำลังใจมากมาย บอกให้ต่อสู้เพื่อเป็นบรรทัดฐานทางสังคมต่อไป ตนจะขอพิจารณาดูว่าเหตุผลที่อ้างในการย้ายหรือกระบวนการย้ายเป็นไปตามหลักธรรมาภิบาลหรือไม่"
นพ. ชูชัย กล่าวทิ้งท้ายว่า รู้สึกเสียดายเวลาที่ตัดสินใจรับตำแหน่งนี้ โดยตนเข้าใจว่าประธาน กสม. สนับสนุนการทำงานเพื่อร่วมพัฒนาฟื้นฟูองค์กรให้กลับมาเข้มแข็ง เคารพสิทธิของผู้คนทั้งในและนอกองค์กร มีความกล้าทางจริยธรรม ซึ่งประธาน กสม. ได้แต่กล่าวขอโทษตน ซึ่งตนบอกไปว่าไม่มีความจำเป็นใด ๆ ที่ต้องขอโทษ เพราะเข้าใจความรู้สึกของประธาน กสม. แต่ก็ได้ติงว่าขอเวลาให้ตนได้พิจารณาเรื่องการลาออก แต่ก็ไม่ให้ ทั้งนี้ ตนพร้อมจะลาออกตามที่สัญญาไว้ ไม่น่ามาทำกันอย่างนี้
ทั้งนี้ในจดหมายเผยแพร่ฉบับนี้ ยังได้อ้างแหล่งข่าวว่า ก่อนที่ นพ. ชูชัย ศุภวงศ์ มาเป็นเลขาธิการฯ องค์กรเละเทะ ทำงานไม่ได้ บัดนี้พัฒนาก้าวหน้าไปมาก ข้าราชการจำนวนหนึ่งจึงพร้อมที่จะดำเนินการทุกวิถีทาง ตั้งแต่การเข้าชื่อถวายฎีกา เพื่อชี้ให้เห็นว่าการเมืองภายนอกเข้ามาแทรกแซงเรื่องภายในองค์กรตามรัฐธรรมนูญ อีกทั้งกำลังรวบรวมพยานหลักฐานเรื่องการแทรกแซงการทำงานของกรรมการฯ การละเมิดสิทธิข้าราชการของกรรมการฯ รวมถึงกรรมการฯ เอาลูกมาเป็นหน้าห้องกินเงินเดือนแต่ไปเรียนหนังสือ การคุกคามทางเพศของกรรมการฯ ที่เกิดขึ้นในองค์กร เพื่อยื่นถอดถอนต่อวุฒิสภาต่อไป